Par Mariana Bego.

Les variants à surveillance rehaussée pourraient rendre les vaccins contre la COVID-19 moins efficaces, à la fois pour ce qui est de la réponse immunitaire immédiate et de la durabilité de l’immunité. Plus de 20 manuscrits sur l’efficacité des vaccins homologués au Canada contre les variants à surveillance rehaussée du SRAS-CoV-2 en circulation au pays ont fait l’objet d’une analyse et d’un résumé. Les titres de neutralisation des variants à surveillance rehaussée ont été compilés et comparés à ceux de la souche originale (utilisée pour créer les vaccins contre la COVID-19). Dans l’ensemble, une neutralisation était associée à tous les vaccins et à toutes les combinaisons de vaccins, mais à divers degrés.

 

Les quatre grandes priorités de la réponse mondiale aux variants à surveillance rehaussée s’établissent comme suit :

  • Évaluer l’efficacité des vaccins sur le marché contre les variants.
  • Évaluer l’efficacité des nouveaux vaccins ou des vaccins modifiés contre les variants si les vaccins actuels sont considérés comme inappropriés.
  • Réduire la probabilité de l’émergence de nouveaux vaccins à surveillance rehaussée.
  • Coordonner la réponse mondiale à la pandémie1.

Faits saillants

  • Les variants peuvent causer quelques infections perthérapeutiques chez les personnes vaccinées, mais les chercheurs n’ont relevé aucunes données sur l’évasion généralisée du virus.
  • Les vaccins à ARNm semblent très efficaces contre les variants alpha (B.1.1.7) et gamma (P.1), et sont également efficaces, mais dans une moindre mesure, contre les variants bêta (B.1.351) et delta (B.1.617.2).
  • Le vaccin de Johnson & Johnson semble très efficace contre les variants alpha et gamma, mais une efficacité réduite contre le variant bêta. Les résultats sur l’efficacité du vaccin de Johnson & Johnson contre le variant delta n’ont pas encore été rendus publics.
  • Même si les résultats du vaccin d’AstraZeneca/Covishield démontraient une moins grande efficacité à prévenir l’infection par le SRAS-CoV-2 causée par un variant, le vaccin était tout de même efficace dans la prévention des hospitalisations ou des décès causés par tous les variants en circulation.

Même si aucun biomarqueur n’était considéré comme un « corrélat de protection » de référence, la plupart des études ont fait appel à la neutralisation virale pour prédire l’efficacité des vaccins2-3. Au tableau 1, les titres de neutralisation des virus à surveillance rehaussée sont compilés et comparés à ceux de la souche originale (utilisée pour créer les vaccins contre la COVID-19). Les titres étaient considérés comme semblables s’ils étaient jusqu’à deux fois plus faibles que ceux produits en réponse à la souche originale, et nettement plus faibles s’ils l’étaient plus de quatre fois (tableau 1, texte en rouge). Dans l’ensemble, une neutralisation était associée à tous les vaccins et à toutes les combinaisons de variants, mais à divers degrés.

L’un des vaccins, celui d’AstraZeneca, n’était pas lié à la production d’anticorps neutralisants selon une petite étude réalisée en Afrique du Sud où le variant bêta prédominait (tableau 1, case bleu)4. Dans cette petite étude, sept des 12 personnes vaccinées (46 %), qui ne présentaient pas de manifestation d’infection antérieure par le SRAS-CoV-2, n’ont présenté aucune activité de neutralisation, et cinq ont présenté une neutralisation de 4,1 à 31,5 fois moins élevée4. Cependant, les experts ont fait une mise en garde sur le risque de surinterpréter ces résultats, en raison du petit nombre de participants et du fait que l’étude ne portait que sur des cas de COVID-19 légère5. Parallèlement, l’Organisation mondiale de la Santé a publié une déclaration soulignant l’efficacité du vaccin d’AstraZeneca dans la prévention d’une COVID-19 grave causée par la souche originale, mais également le caractère inconnu de son efficacité à prévenir une maladie grave causée par le variant bêta. L’OMS recommande toujours l’utilisation de ce vaccin, mais souligne l’importance mondiale d’accroître la surveillance sur l’efficacité des vaccins en présence de nouveaux variants6.

Tableau 1.

Variant à surveillance rehaussée
Alpha (B.1.1.7)* Bêta (B.1.351) Gamma (P.1) Delta (B.1.617.2)
Vaccin Pfizer-BioNTech BNT162b2 Neutralisation :

semblable

(réf. 7-9,11)

 

Neutralisation:

5 à 7 fois plus faible

(réf. 8-13)

Neutralisation:

semblable

(réf. 9-10,18)

Neutralisation:

3 à 7 fois plus faible

(réf. 13-17)

Moderna mRNA-1273 Neutralisation :

semblable

(réf. 19-20)

 

Neutralisation:

7 fois plus faible

(réf. 19-20)

Neutralisation :

3 fois plus faible

(réf. 18-19)

Neutralisation:

7 fois plus faible

(réf. 14-15)

AstraZeneca /Covishield ChAdOx1-S  

Neutralisation:

9 fois plus faible

(réf. 21)

Neutralisation:

4 à 30 fois plus faible ou inexistante

(réf. 4, 10, 12)

Neutralisation :

3 fois plus faible

(réf. 12)

Neutralisation:

4 fois plus faible

(réf. 16-17, 22)

Johnson & Johnson Ad26.COV2.S Neutralisation :

semblable

(réf. 23)

Neutralisation:

5 fois plus faible

(réf. 23)

Neutralisation :

3 fois plus faible

(réf. 23)

Non évaluée
*Selon certaines données probantes, l’activité de neutralisation diminuait considérablement contre les variants alpha (B.1.1.7) qui étaient également porteurs de la mutation E484K19,24.

 

Références:

  1. Krause PR, Fleming TR, Longini IM, Peto R, Briand S, Heymann DL, Beral V, Snape MD, Rees H, Ropero AM, Balicer RD, Cramer JP, Munoz-Fontela C, Gruber M, Gaspar R, Singh JA, Subbarao K, Van Kerkhove MD, Swaminathan S, Ryan MJ, Henao-Restrepo AM. SARS-CoV-2 variants and vaccines. N Engl J Med. Le 23 juin 2021. doi:10.1056/NEJMsr2105280.
  2. Krammer F. Correlates of protection from SARS-CoV-2 infection. Lancet. 2021 Apr 9;397:1421-1423. doi: 10.1016/S0140-6736(21)00782-0.
  3. Khoury DS, Cromer D, Reynaldi A, Schlub TE, Wheatley AK, Juno JA, Subbarao K, Kent SJ, Triccas JA, Davenport MP. Neutralizing antibody levels are highly predictive of immune protection from symptomatic SARS-CoV-2 infection. Nat Med. Le 17 mai 2021. doi: 10.1038/s41591-021-01377-8.
  4. Madhi SA, Baillie V, Cutland CL, Voysey M, Koen AL, Fairlie L, Padayachee SD, Dheda K, Barnabas SL, Bhorat QE, Briner C, Kwatra G, Ahmed K, Aley P, Bhikha S, Bhiman JN, Bhorat AE, du Plessis J, Esmail A, Groenewald M, Horne E, Hwa SH, Jose A, Lambe T, Laubscher M, Malahleha M, Masenya M, Masilela M, McKenzie S, Molapo K, Moultrie A, Oelofse S, Patel F, Pillay S, Rhead S, Rodel H, Rossouw L, Taoushanis C, Tegally H, Thombrayil A, van Eck S, Wibmer CK, Durham NM, Kelly EJ, Villafana TL, Gilbert S, Pollard AJ, de Oliveira T, Moore PL, Sigal A, et al. Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 vaccine against the B.1.351 variant. N Engl J Med. Le 20 mai 2021; 384:1885-1898. doi: 10.1056/NEJMoa2102214
  5. English P. Expert reaction to news reports that the Oxford/AZ vaccine gives limited protection against mild disease caused by the South African variant of SARS-CoV-2. https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-news-reports-that-the-oxford-az-vaccine-gives-limited-protection-against-mild-disease-caused-by-the-south-african-variant-of-sars-cov-2/
  6. WHO Press release. 2021. COVAX Statement on New Variants of SARS-CoV-2. https://www. who.int/news/item/08-02-2021-covax-statement-on-new-variants-of-sars-cov-2
  7. Muik A, Wallisch AK, Sanger B, Swanson KA, Muhl J, Chen W, Cai H, Maurus D, Sarkar R, Tureci O, Dormitzer PR, Sahin U. Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine-elicited human sera. Science. Le 12 mai 2021; 371:1152-1153. doi: 10.1126/science.abg6105.
  8. Kuzmina A, Khalaila Y, Voloshin O, Keren-Naus A, Boehm-Cohen L, Raviv Y, Shemer-Avni Y, Rosenberg E, Taube R. SARS-CoV-2 spike variants exhibit differential infectivity and neutralization resistance to convalescent or post-vaccination sera. Cell Host Microbe. Le 20 mars 2021; 29:522-528 e2. doi: 10.1016/j.chom.2021.03.008.
  9. Liu Y, Liu J, Xia H, Zhang X, Fontes-Garfias CR, Swanson KA, Cai H, Sarkar R, Chen W, Cutler M, Cooper D, Weaver SC, Muik A, Sahin U, Jansen KU, Xie X, Dormitzer PR, Shi PY. Neutralizing activity of BNT162b2-elicited serum. N Engl J Med. Le 15 avril 2021; 384:1466-1468. doi: 10.1056/NEJMc2102017.
  10. Dejnirattisai W, Zhou D, Supasa P, Liu C, Mentzer AJ, Ginn HM, Zhao Y, Duyvesteyn HME, Tuekprakhon A, Nutalai R, Wang B, Lopez-Camacho C, Slon-Campos J, Walter TS, Skelly D, Costa Clemens SA, Naveca FG, Nascimento V, Nascimento F, Fernandes da Costa C, Resende PC, Pauvolid-Correa A, Siqueira MM, Dold C, Levin R, Dong T, Pollard AJ, Knight JC, Crook D, Lambe T, Clutterbuck E, Bibi S, Flaxman A, Bittaye M, Belij-Rammerstorfer S, Gilbert SC, Carroll MW, Klenerman P, Barnes E, Dunachie SJ, Paterson NG, Williams MA, Hall DR, Hulswit RJG, Bowden TA, Fry EE, Mongkolsapaya J, Ren J, Stuart DI, Screaton GR. Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2. Cell. Le 27 mai 2021;184:2939-2954 e9. doi: 10.1016/j.cell.2021.03.055.
  11. Jalkanen P, Kolehmainen P, Häkkinen HK, Huttunen M, Tähtinen PA, Lundberg R, Maljanen S, Reinholm A, Tauriainen S, Pakkanen SH, Levonen I, Nousiainen A, Miller T, Välimaa H, Ivaska L, Pasternack A, Naves R, Ritvos O, Österlund P, Kuivanen S, Smura T, Hepojoki J, Vapalahti O, Lempainen J, Kakkola L, Kantele A, Julkunen I. COVID-19 mRNA vaccine induced antibody responses against three SARS-CoV-2 variants. Nat Commun. Le 28 juin 2021;12:3991. doi: 10.1038/s41467-021-24285-4.
  12. Zhou D, Dejnirattisai W, Supasa P, Liu C, Mentzer AJ, Ginn HM, Zhao Y, Duyvesteyn HME, Tuekprakhon A, Nutalai R, Wang B, Paesen GC, Lopez-Camacho C, Slon-Campos J, Hallis B, Coombes N, Bewley K, Charlton S, Walter TS, Skelly D, Lumley SF, Dold C, Levin R, Dong T, Pollard AJ, Knight JC, Crook D, Lambe T, Clutterbuck E, Bibi S, Flaxman A, Bittaye M, Belij-Rammerstorfer S, Gilbert S, James W, Carroll MW, Klenerman P, Barnes E, Dunachie SJ, Fry EE, Mongkolsapaya J, Ren J, Stuart DI, Screaton GR. Evidence of escape of SARS-CoV-2 variant B.1.351 from natural and vaccine-induced sera. Cell. Le 29 avril 2021;184:2348-2361 e6. doi: 10.1016/j.cell.2021.02.037.
  13. Wall EC, Wu M, Harvey R, Kelly G, Warchal S, Sawyer C, Daniels R, Hobson P, Hatipoglu E, Ngai Y, Hussain S, Nicod J, Goldstone R, Ambrose K, Hindmarsh S, Beale R, Riddell A, Gamblin S, Howell M, Kassiotis G, Libri V, Williams B, Swanton C, Gandhi S, Bauer DL. Neutralising antibody activity against SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 and B.1.351 by BNT162b2 vaccination. Lancet. Le 19 juin 2021; 397:2331-2333. doi: 10.1016/S0140-6736(21)01290-3.
  14. Edara VV, Lai L, Sahoo MK, Floyd K, Sibai M, Solis D, Flowers MW, Hussaini L, Ciric CR, Bechnack S, Stephens K, Mokhtari EB, Mudvari P, Creanga A, Pegu A, Derrien-Colemyn A, Henry AR, Gagne M, Graham BS, Wrammert J, Douek DC, Boritz E, Pinsky BA, Suthar MS. Infection and vaccine-induced neutralizing antibody responses to the SARS-CoV-2 B.1.617.1 variant. bioRxiv. Le 10 mai 2021. doi:10.1101/2021.05.09.443299.
  15. Hoffmann M, Hofmann-Winkler H, Krüger N, Kempf A, Nehlmeier I, Graichen L, Sidarovich A, Moldenhauer A-S, Winkler MS, Schulz S, Jäck H-M, Stankov MV, Behrens GMN, Pöhlmann S. SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. bioRxiv. Le 5 mai 2021. doi: 10.1101/2021.05.04.442663:2021.05.04.442663.
  16. Liu C, Ginn HM, Dejnirattisai W, Supasa P, Wang B, Tuekprakhon A, Nutalai R, Zhou D, Mentzer AJ, Zhao Y, Duyvesteyn HME, López-Camacho C, Slon-Campos J, Walter TS, Skelly D, Johnson SA, Ritter TG, Mason C, Costa Clemens SA, Naveca FG, Nascimento V, Nascimento F, Fernandes da Costa C, Resende PC, Pauvolid-Correa A, Siqueira MM, Dold C, Temperton N, Dong T, Pollard AJ, Knight JC, Crook D, Lambe T, Clutterbuck E, Bibi S, Flaxman A, Bittaye M, Belij-Rammerstorfer S, Gilbert SC, Malik T, Carroll MW, Klenerman P, Barnes E, Dunachie SJ, Baillie V, Serafin N, Ditse Z, Da Silva K, Paterson NG, Williams MA, et al. Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell. Le 17 juin 2021. doi: 10.1016/j.cell.2021.06.020.
  17. Bernal JL, Andrews N, Gower C, Gallagher E, Simmons R, Thelwall S, Stowe J, Tessier E, Groves N, Dabrera G, Myers R, Campbell C, Amirthalingam G, Edmunds M, Zambon M, Brown K, Hopkins S, Chand M, Ramsay M. Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. medRxiv. Le 24 mai 2021. doi: 10.1101/2021.05.22.21257658:2021.05.22.21257658.
  18. Wang P, Casner RG, Nair MS, Wang M, Yu J, Cerutti G, Liu L, Kwong PD, Huang Y, Shapiro L, Ho DD. Increased resistance of SARS-CoV-2 variant P.1 to antibody neutralization. Cell Host Microbe. Le 2 mars 2021; 29:747-751 e4. doi: 10.1101/2021.03.01.433466.
  19. Wu K, Werner AP, Koch M, Choi A, Narayanan E, Stewart-Jones GBE, Colpitts T, Bennett H, Boyoglu-Barnum S, Shi W, Moliva JI, Sullivan NJ, Graham BS, Carfi A, Corbett KS, Seder RA, Edwards DK. Serum neutralizing activity elicited by mRNA-1273 vaccine. N Engl J Med. Le 15 avril 2021; 384:1468-1470. doi: 10.1056/NEJMc2102179.
  20. Wu K, Werner AP, Moliva JI, Koch M, Choi A, Stewart-Jones GBE, Bennett H, Boyoglu-Barnum S, Shi W, Graham BS, Carfi A, Corbett KS, Seder RA, Edwards DK. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. bioRxiv. Le 25 janvier 2021. doi: 10.1101/2021.01.25.427948.
  21. Emary KRW, Golubchik T, Aley PK, Ariani CV, Angus B, Bibi S, Blane B, Bonsall D, Cicconi P, Charlton S, Clutterbuck EA, Collins AM, Cox T, Darton TC, Dold C, Douglas AD, Duncan CJA, Ewer KJ, Flaxman AL, Faust SN, Ferreira DM, Feng S, Finn A, Folegatti PM, Fuskova M, Galiza E, Goodman AL, Green CM, Green CA, Greenland M, Hallis B, Heath PT, Hay J, Hill HC, Jenkin D, Kerridge S, Lazarus R, Libri V, Lillie PJ, Ludden C, Marchevsky NG, Minassian AM, McGregor AC, Mujadidi YF, Phillips DJ, Plested E, Pollock KM, Robinson H, Smith A, Song R, et al. Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 (B.1.1.7): an exploratory analysis of a randomised controlled trial. Lancet. Le 30 mars 2021; 397:1351-1362. doi: 10.1016/S0140-6736(21)00628-0.
  22. Yadav PD, Sapkal GN, Abraham P, Deshpande G, Nyayanit DA, Patil DY, Gupta N, Sahay RR, Shete AM, Kumar S, Panda S, Bhargava B. Neutralization potential of Covishield vaccinated individuals sera against B.1.617.1. Clin Infect Dis. Le 24 mai 2021. doi: 10.1093/cid/ciab483.
  23. Alter G, Yu J, Liu J, Chandrashekar A, Borducchi EN, Tostanoski LH, McMahan K, Jacob-Dolan C, Martinez DR, Chang A, Anioke T, Lifton M, Nkolola J, Stephenson KE, Atyeo C, Shin S, Fields P, Kaplan I, Robins H, Amanat F, Krammer F, Baric RS, Le Gars M, Sadoff J, de Groot AM, Heerwegh D, Struyf F, Douoguih M, van Hoof J, Schuitemaker H, Barouch DH. Immunogenicity of Ad26.COV2.S vaccine against SARS-CoV-2 variants in humans. Nature. Le 9 juin 2021. doi: 10.1038/s41586-021-03681-2.
  24. Collier DA, De Marco A, Ferreira I, Meng B, Datir RP, Walls AC, Kemp SA, Bassi J, Pinto D, Silacci-Fregni C, Bianchi S, Tortorici MA, Bowen J, Culap K, Jaconi S, Cameroni E, Snell G, Pizzuto MS, Pellanda AF, Garzoni C, Riva A, Elmer A, Kingston N, Graves B, McCoy LE, Smith KGC, Bradley JR, Temperton N, Ceron-Gutierrez L, Barcenas-Morales G, Harvey W, Virgin HW, Lanzavecchia A, Piccoli L, Doffinger R, Wills M, Veesler D, Corti D, Gupta RK. Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies. Nature. Le 11 mars 2021; 593:136-141. doi: 10.1038/s41586-021-03412-7.