Séroprévalence au Canada
Afin d’adapter les stratégies de santé publique au contexte pandémique actuel, il est important de comprendre la prévalence de la COVID-19 au Canada. Depuis l’hiver 2021-2022 avec le début de la vague Omicron, les tests PCR pour le diagnostic du SRAS-CoV-2 n’ont pas réussi à suivre la croissance rapide de l’infection dans la population. Le GTIC s’est donc appuyé sur des études de sérosurveillance (mesure des anticorps dus à l’infection et à la vaccination dans le sang d’une personne) pour fournir des estimations mises à jour de l’ampleur et des tendances de l’infection par le SRAS-CoV-2 au Canada.
Les estimations de séroprévalence présentées ci-dessous sont fondées sur les données de plus de 20 études qui peuvent être regroupées en trois catégories : 1) donneurs de sang de la Société canadienne du sang et d’Héma-Québec; 2) échantillons de sang anonymes rejetés ou résiduels de laboratoires provinciaux; et 3) participants aux cohortes de recherche financées par le GTIC. Ces trois sources fournissent des informations importantes, mais chacune d’entre elles comporte des forces et des limites différentes.
Les projets qui ont fourni de l’information pour ce rapport incluent : Société canadienne du sang, Action pour battre le coronavirus, Alberta Precision Laboratories, BCCDC (financé par le BCCDC), Canadian Antenatal Serosurvey, Partenariat canadien pour la santé de demain, ECSAC-1 de Statistique Canada, Héma-Québec, Manitoba Seroprevalence, Santé publique Ontario (financé par SPO), Saskatchewan Seroprevalence, CHILD, Étude de sérosurveillance du CHU Ste-Justine, EnCORE, SPRING, TargetKIDS!, Étude longitudinale canadienne sur le vieillissement, Prospective Evaluation of Immunity after COVID-19 vaccines in Seniors (PREVENT).
MÉTHODOLOGIE ET DONNÉES
La présente analyse se fonde sur la présence d’anticorps à la protéine nucléocapsidique comme indicateur d’une infection antérieure et sur celle d’anticorps antispiculaires pour déterminer la séroprévalence globale représentant à la fois les anticorps acquis par la vaccination et induits par l’infection. Avant le déploiement du vaccin en janvier 2021, la présence d’anticorps antispiculaires indique également une infection passée. Les évaluations de la séroprévalence présentées dans le présent rapport proviennent de trois sources différentes : 1) les donneurs de sang de la Société canadienne du sang et d’Héma-Québec; 2) les échantillons de sang rejetés et anonymisés ou de sang résiduel en provenance de laboratoires provinciaux et 3) les participants à des cohortes financées par le GTIC. On présume que les données fournissent une évaluation de la séroprévalence qui reflète le taux approximatif d’infection 14 jours ou plus avant la date de collecte, en raison du temps qu’il faut en moyenne pour qu’une personne infectée acquière des anticorps IgG mesurables en réponse à l’infection.
SOURCES DE DONNÉES
Les données sont tirées de projets financés par le Groupe de travail sur l’immunité face à la COVID-19 (GTIC) et de projets dont les estimations de séroprévalence ont été rendues publiques. Les projets financés et les partenaires participants reflètent les efforts consentis par le GTIC pour évaluer la séroprévalence des anticorps du SRAS-CoV-2 au Canada, conformément au mandat qui lui a été confié en avril 2020. Les types de projets visant la collecte de données incluaient des enquêtes sérologiques provinciales et des études pancanadiennes de la population générale, des études sur des groupes d’âge particuliers ou des souspopulations vulnérables et des études sur des foyers de COVID-19, telles que les cohortes professionnelles.
DOSAGES UTILISÉS POUR DÉCELER LES ANTICORPS ANTI-SRAS-COV-2
Des laboratoires provinciaux, les systèmes d’approvisionnement en sang et des laboratoires de recherche universitaire ont procédé à la mesure des anticorps contre les protéines du spicule (S), du domaine de liaison du récepteur (RBD) et de la nucléocapside (N). Les laboratoires provinciaux ont utilisé des dosages immunoenzymatiques (ELISA) commerciaux approuvés par Santé Canada, soit :
- Dosage des immunoglobulines G antinucléocapsidiques – Laboratoires Abbott
- Anticorps totaux des immunoglobulines antinucléocapsidiques – Laboratoires Roche
- Anticorps totaux des immunoglobulines antispiculaires – Laboratoire Roche
- Anticorps des immunoglobulines G antispiculaires – DiaSorin
- Anticorps anti-SRAS-CoV-2 – dosage multiplex de MesoScale Discovery
Les laboratoires universitaires participants ont fait appel à la fois à des dosages commerciaux et à des dosages qu’ils ont eux-mêmes mis au point. Les dosages mis au point en laboratoire s’inspiraient des construits de protéines du SRAS-CoV-2 produits au Conseil national de recherche Canada à Montréal ou dans d’autres sources commerciales réputées.
La détection des anticorps a été obtenue par dosage ELISA ou par dosage par chimiluminescence à haut débit. La mise au point des unités arbitraires biologiques, qui sont des normes globales pour calibrer les dosages IgG du SRAS-CoV-2, a contribué à limiter une partie de l’hétérogénéité et a facilité la comparaison et la combinaison des résultats. Lors des dosages nucléocapsidiques, le seuil d’infection antérieure reposait sur le seuil prédéterminé par le fabricant du dosage en question.
ANALYSE
Le présent rapport décrit les évaluations populationnelles de la séroprévalence du SRAS-CoV-2 mesurées tout au long de la pandémie pendant trois phases distinctes circonscrites d’après le variant préoccupant prédominant à l’époque :
- Avant Delta : avant le 1er août 2021
- Delta : du 1er août au 14 décembre 2021
- Omicron : du 15 décembre 2021, en cours
La séropositivité aux protéines antispiculaires peut découler de la vaccination ou de l’infection. Cependant, la séropositivité aux protéines antinucléocapsidiques n’est acquise qu’après l’infection et non après l’administration de l’un ou l’autre des vaccins homologués au Canada. Ainsi, avant la vaccination (avant le 15 décembre 2020), la présence d’anticorps acquis par l’infection était démontrée par la séropositivité antispiculaire ou antinucléocapsidique. Depuis le 15 décembre 2020, seule la séropositivité antinucléocapsidique est considérée comme une manifestation de la présence d’anticorps acquis par l’infection.
Les résultats de la séroprévalence ont été résumés ou présentés comme suit :
- Selon la région géographique : Le Canada et les provinces ou région (aucune donnée n’est disponible au sujet des trois territoires du Canada)
- Selon l’âge moyen : Estimation à partir de la tranche d’âge recueillie dans chaque étude
MODÈLE STATISTIQUE POUR LA SÉROPRÉVALENCE MOYENNE
Au moyen d’une approche chronologique des estimations de séroprévalence regroupées transmises par chaque projet, la séroprévalence moyenne au fil du temps a été estimée à l’aide d’un modèle bayésien linéaire généralisé multivarié. Ce modèle, adapté pour les données chiffrées et dont la proportion positive ne peut dépasser 100 %, faisait appel à un lien logit dont les erreurs bêta-binomiales étaient réparties. Les prédicteurs de séroprévalence anti-N incluaient les splines naturelles pour le prédicteur temporel, ainsi que les interceptions et les coefficients propres à chaque province et partiellement regroupés. Ainsi, la tendance temporelle pouvait varier par province lors du partage d’information entre les provinces. Les prédicteurs de séroprévalence anti-S incluaient les splines naturelles du prédicteur temporel, le logit de la séroprévalence anti-N et le nombre de doses de vaccin administrées au cours des six mois précédents, per capita et par province. Les intervalles de crédibilités à 95 % se situaient entre les quantiles de 2,5 % et 97,5 % des échantillons des méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov (MCMC).
LIMITATIONS
Les dosages sérologiques utilisés sont hétérogènes, les divers dosages faisant appel à diverses unités de mesure. Le fait de déclarer la proportion d’échantillons positifs (séropositivité) permet d’éviter de standardiser les diverses unités de mesure. Cependant, il convient de souligner que les divers dosages sont dotés de diverses caractéristiques inhérentes (sensibilité, spécificité, seuils), qui influent sur la détermination des échantillons positifs. De plus, le recours à l’anticorps nucléocapsidique comme indicateur d’une infection antérieure comporte des limites. Ces limites sont attribuables à des facteurs comme l’affaiblissement des taux d’anticorps au fil du temps, une faible immunogénicité, l’incapacité de savoir exactement quand l’infection a été contractée, un décalage de une à deux semaines avant la production maximale d’anticorps et l’impossibilité de distinguer la première infection d’une infection récurrente. Par conséquent, les estimations sont devenues plus hétérogènes à l’ère des variants Omicron. En Colombie-Britannique, par exemple, la variation croissante des estimations de la séroprévalence est attribuable à l’inclusion de tranches d’âge plus vastes dans la population source. En Alberta, les raisons de la variation accrue des estimations demeurent inconnues, mais le GTIC collabore avec les chercheurs des Alberta Precision Labs qui ont fourni les estimations à partir des échantillons de sang résiduel pour les circonscrire. Étant donné ces limites, les estimations de la séroprévalence ne devraient généralement pas être interprétées comme des mesures directes d’infections cumulatives tout au long de la pandémie. Cependant, des modifications absolues de la séroprévalence anti-N sur de courtes périodes (p. ex., quelques mois) sont susceptibles de représenter fidèlement des hausses subites des infections au cours de ces périodes.
Comment fonctionnent les enquêtes sérologiques?
Les enquêtes sérologiques déterminent le taux de séropositivité au SRAS-CoV-2 dans une population donnée en mesurant la présence d’anticorps contre les composants du virus dans le sang d’un individu. Les personnes infectées réagissent en produisant des anticorps contre plusieurs protéines virales, notamment la nucléocapside et les protéines de spicule. En Amérique du Nord, tous les vaccins actuellement approuvés et utilisés sont basés sur la protéine de spicule et son domaine de liaison aux récepteurs. Ainsi, lorsqu’un individu a des anticorps qui reconnaissent la protéine de la nucléocapside, cela peut être interprété comme un signe d’infection passée. En revanche, lorsqu’un individu présente des anticorps qui reconnaissent la protéine de spicule, cela peut être dû soit à une vaccination, soit à une infection.
Résultats jusqu’au 15 mars 2023 | La hausse de la séroprévalence acquise par l’infection ralentit au Canada
Dans l’ensemble, la séroprévalence acquise par l’infection a augmenté considérablement au Canada entre novembre 2021 (avant qu’Omicron ne soit signalé au Canada) et janvier 2023, passant de 7 % à 73 % après plus d’un an avec Omicron comme variant dominant. La deuxième semaine de mars 2023, la séroprévalence acquise par l’infection n’avait pas beaucoup augmenté. Entre le 4 janvier et le 15 mars 2023, elle n’était passée que de 72,9 % (ICr à 95 % : 64,8 à 79,8) à 76,9 % (ICr à 95 % : 70,2 à 82,8).
Séroprévalence par le SRAS-CoV-2 au Canada
(13 avril 2020 au 15 mars 2023)
Le graphique suivant montre la séroprévalence acquise par infection (anti-nucléocapside) et la séroprévalence acquise par infection ou induite par la vaccination (anti-spicule) pour tous les groupes d’âge, combinés, par région au fil du temps.
Notes sur les données :
Chaque point représente une estimation de la séroprévalence d’un projet au milieu d’une période de collecte d’échantillons. La ligne noire représente la séroprévalence moyenne estimée, pondérée par la taille de l’échantillon. Les bandes gris clair représentent l’intervalle de confiance credible de 95 %.
État de la séroprévalence induite par l’infection au Canada
La carte interactive ci-dessous a été produite par l’équipe de données et d’analyse du GTIC à partir des données provenant de quelque 20 études soutenues par le GTIC ou d’études qui ont rendu leurs données publiques. Cette carte illustre le pourcentage d’adultes canadiens qui avaient acquis des anticorps contre l’infection à la mi-mars 2023.
Séroprévalence due à l’infection par province au fil du temps
La séroprévalence découlant de l’infection a continué d’augmenter dans toutes les provinces du Canada pendant les vagues Omicron, entre le 15 décembre 2021 et le 15 mars 2023. Selon les résultats de plusieurs enquêtes de séroprévalence réalisées au Canada, à la deuxième semaine de mars :
- La séropositivité estimative moyenne causée par l’infection a peu varié entre les provinces de l’Ouest canadien, où elle s’est établie à 76,6 % (ICr à 95 % : 69,6 % à 82,8 %) et a oscillé entre 74,4% en Colombie-Britannique et 79,0 % en Alberta.
- La séropositivité était à 76,1 % (ICr à 95 % : de 68,6 % à 82,4 %) en Ontario et à 79.8% (95% CrI: 71,0 to 88,7) au Québec
- Même si les provinces de l’Atlantique ont maintenu la séropositivité à l’infection la plus faible au Canada pendant la majeure partie de la pandémie, les augmentations observées durant le printemps et l’été 2022 ont entraîné une séroprévalence comparable à celle des autres régions, à 75,0 % (ICr à 95 % : 67,7 % à 81,3 %) de séropositivité due à l’infection. Cela s’explique par le fait que le taux d’augmentation dans le Canada atlantique au cours des premières vagues d’Omicron était plus élevé que dans d’autres provinces et territoires.
Anticorps measuré
| • | estimation anti-N | ⯁ | estimation anti-S |
Colombie-Britannique
Alberta
Saskatchewan
Manitoba
Ontario
Québec
Nouvelle-Écosse
Île du Prince-Édouard
Terre-Neuve
Nouveau-Brunswick
Antibody measured
| • | anti-N estimate | ⯁ | anti-S estimate |
Colombie-Britannique
Alberta
Saskatchewan
Manitoba
Ontario
Québec
Nouvelle-Écosse
Île du Prince-Édouard
Terre-Neuve
Nouveau-Brunswick
Séroprévalence due à l’infection par âge au fil du temps
La conversion à la séropositivité acquise par l’infection (anti-N) a augmenté dans tous les groupes d’âge pendant la phase Omicron :
- Pendant la deuxième semaine de mars, les taux de séropositivité les plus élevés découlant de l’infection ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes, avec 80,9 % (ICr à 95 % : 74,8 % à 85,8 %) chez les jeunes adultes âgés de 18 à 39 ans. La différence n’est pas claire entre les enfants et les jeunes adultes, car elle est faible par rapport à l’incertitude statistique. Les données sont limitées pour les enfants.
- Les estimations de la séropositivité découlant de l’infection ont diminué de manière inversement proportionnelle à l’âge : 75,1 % (ICr à 95 % : 67,9 % à 81,0 %) chez les adultes d’âge mûr (de 40 à 59 ans) et 64,5 % (ICr à 95 % : 56,0 % à 72,2 %) chez les adultes âgés (60 ans et plus).
- Si la séroprévalence a atteint un plateau chez les jeunes adultes, elle continue d’augmenter chez les adultes de plus de 60 ans. Cependant, ces estimations sont peut-être biaisées par les donneurs de sang relativement plus jeunes et en meilleure santé (de 60 ans et plus) qui contribuent le plus aux récentes données chez les adultes âgés.
- Des tendances fondées sur l’âge semblables ont été observées dans toutes les provinces.
Données de la Société canadienne du sang et d’Héma-Québec seulement
Séroprévalence de l’infection au fil du temps au Canada : un graphique interactif détaillé
Ce graphique regroupe les données de la Société canadienne du sang depuis le début de la pandémie. Il permet de visualiser les taux de séroprévalence des infections acquises en fonction de la défavorisation, du groupe racial et de l’âge, ce qui donne un aperçu des caractéristiques des personnes qui ont été le plus touchées par la COVID-19. Ces données peuvent aider les responsables et les décideurs lorsqu’ils déploient des ressources et peuvent contribuer à résoudre les problèmes d’accès à la santé publique, de diffusion de l’information et d’équité pour tous les Canadiens.
Veuillez cliquer sur les boutons rouges en haut, « Défavorisation », « Groupe racial » ou « Âge » pour filtrer les résultats. Vous pouvez également double-cliquer sur la légende pour isoler une trace.
Séroprévalence par statut socioéconomique au fil du temps
Canada (sauf le Québec et les territoires)
À la mi-mars, selon les données de la Société canadienne du sang, la différence de séroprévalence acquise par l’infection observée entre les populations les plus et les moins défavorisées sur le plan matériel a augmenté légèrement. Elle est passée à 81,1 % chez les populations les plus défavorisées, comparativement à 77,6 %, chez les moins défavorisées.
1 Tel que mesuré par l’indice de privation matérielle, qui utilise les données du code postal.
1 As measured by the Material Deprivation Index, which makes use of postal code data.
Anticorps anti-SRAS-CoV-2 attribuables à…
 |
l’infection (dosage Roche) |  |
la vaccination seulement (dosage Roche) |
Remarques sur les données :
- La hauteur des barres indique la proportion estimée du sous-groupe qui avait des anticorps contre le SRAS-CoV-2, ajustée pour la sensibilité et la spécificité du test et normalisée par rapport à la population canadienne. Les barres d’erreur indiquent des intervalles de confiance à 95 %.
- Les anticorps provenant uniquement du vaccin sont en rouge = IgG anti-S positifs et IgG anti-N négatifs.
- Les anticorps provenant de l’infection sont en bleu = positifs pour les IgG anti-nucléocapsides.
- L’indice de défavorisation est un indicateur du manque de biens et de services (défavorisation) dans le quartier d’un participant, basé sur les trois premiers chiffres de son code postal. L’indice a été élaboré par Statistique Canada à partir des codes postaux et des données du recensement canadien de 2016 sur le revenu des ménages, le taux de chômage et le taux d’éducation secondaire.
Séroprévalence par groupe racial au fil du temps
Les données de la Société canadienne du sang démontrent que les groupes qui se disent racisés continuent de présenter une séroprévalence acquise par l’infection plus élevée que les donneurs blancs, soit de 83,7 % par rapport à 76,7 %. Les donneurs de sang autochtones présentaient une séroprévalence acquise par l’infection de 78,5 %, alors qu’elle était à 83,8 % chez les donneurs de sang qui se déclaraient asiatiques.
La séroprévalence des anticorps anti-SRAS-CoV-2 chez les donneurs de sang canadiens au fil du temps (Canada sauf le Québec et les territoires)
Anticorps anti-SRAS-CoV-2 attribuables à…
|
l’infection (dosage Roche) | |
la vaccination seulement (dosage Roche) |
Remarques sur les données :
- La hauteur des barres indique la proportion estimée du sous-groupe qui avait des anticorps contre le SRAS-CoV-2, ajustée pour la sensibilité et la spécificité du test et normalisée par rapport à la population canadienne. Les barres d’erreur indiquent des intervalles de confiance à 95 %.
- Les anticorps provenant uniquement du vaccin sont en rouge = IgG anti-S positifs et IgG anti-N négatifs.
- Les anticorps de l’infection sont en bleu = positifs pour les IgG anti-nucléocapside.
Vous cherchez davantage de ces données?
- Avez-vous besoin des données à l’échelle de la population figurant dans les graphiques ci-dessus? Visitez le Dataverse en libre accès du GTIC pour accéder à nos données agrégées.
- Vous avez besoin de données au niveau individuel ? Découvrez la banque de données du GTIC.
- Avez-vous besoin d’autres tableaux de sérologie du SRAS-CoV-2 à l’échelle de la population? Veuillez contacter notre équipe chargée des données à data@covid19immunitytaskforce.ca.
