Dans les petites localités rurales dotées d’étangs d’épuration, la récolte d’échantillons dans les stations de pompage en amont améliore la surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées

D’après une étude financée par le GTIC publiée dans la revue Science of the Total Environment réalisée pour aborder les lacunes en matière de mise en œuvre d’une surveillance fiable des eaux usées dans des localités rurales ou de petite dimension pour suivre l’incidence du SRAS-CoV-2 et d’autres agents pathogènes ou biomarqueurs. L’étude a établi que dans les localités dotées d’étangs d’épuration, le meilleur moyen de surveiller la COVID-19 consiste à prélever des échantillons en amont d’une station de pompage pour réduire le risque de dégradation du matériel génétique du SRAS-CoV-2. La recherche était dirigée par les P^rs Patrick D’Aoust et Robert Delatolla, tous deux de l’Université d’Ottawa, et le financement du GTIC était dirigé vers la D^re Sharon Straus, de l’Université de Toronto.

Les chercheurs ont choisi une localité rurale de moins de 5 000 habitants de l’est de l’Ontario et, entre octobre 2020 et mai 2021, ils ont échantillonné les eaux usées d’une station de pompage en amont et d’un étang d’épuration. La station de pompage en amont reçoit le même flux volumétrique annuel d’eaux usées que le système de l’étang d’épuration. Il faut environ 15 minutes pour que les eaux usées de la station de pompage arrivent à l’entrée de l’étang, tandis que les eaux usées au point d’échantillonnage de l’étang y demeurent de trois à dix jours en raison du mode de décharge du système. À la station de pompage, les échantillons composites sur 24 heures ont été recueillis tous les trois à sept jours entre le 16 octobre 2020 et le 2 mai 2021, tandis que dans l’étang, ils l’ont été entre le 3 décembre 2020 et le 11 janvier 2021. Les chercheurs ont comparé l’ARN du SRAS-CoV-2 de ces échantillons, qu’ils ont amplifié et évalué sous forme de comparaison par paires des deux emplacements par rapport aux données épidémiologiques.

Faits saillants

• Dans les municipalités disposant d’étangs d’épuration, il est possible de surveiller les eaux usées de la population générale pour déceler la COVID-19 à la fois dans l’étang d’épuration et par l’échantillonnage du bassin d’une station de pompage en amont.
• L’amplification en chaîne par polymérase à transcription inverse quantitative en temps réel (RT-qPCR), qui ciblait les gènes N1 et N2 du SRAS-CoV-2, a démontré que les échantillons composites sur 24 heures prélevés à la station de pompage sur une période de 5,5 semaines transmettaient un fort signal viral, tandis que les échantillons correspondants prélevés dans l’étang se situaient sous la limite de quantification.
• Les concentrations d’ARN et l’intégrité des échantillons de l’étang avaient également tendance à être plus faibles et plus variables que celles des échantillons de la station de pompage.

Il n’y avait pas de données épidémiologiques comparatives sur la COVID-19 dans la localité à l’étude, mais seulement dans la région géographique, dont seulement 2 % correspondent à la population de la localité rurale. De plus, les données disponibles reposaient sur le pourcentage de résultats positifs au test, par rapport aux nouveaux cas cliniques quotidiens.

Cependant, les chercheurs sont d’avis que selon les résultats, les échantillons prélevés aux stations de pompage des eaux usées de petites localités rurales et de pays à faible revenu peuvent être utilisés conjointement avec les données épidémiologiques locales pour déceler et suivre les éclosions de COVID-19, fournissant ainsi un meilleur niveau de granularité de l’information épidémiologique aux unités sanitaires que ce qui est disponible actuellement.