Rais Y, Fu Z, Drabovich AP. Mass spectrometry-based proteomics in basic and translational research of SARS-CoV-2 coronavirus and its emerging mutants. Clin Proteomics 2021;18:19. doi : 10.1186/s12014-021-09325-x
Les résultats et/ou conclusions contenus dans cette recherche ne reflètent pas nécessairement les opinions de tous les membres du GTIC.
Dans une récente analyse de Clinical Proteomics, le Pr Andrei Drabovich et son équipe de l’Université de l’Alberta donnent un aperçu de l’usage de technologies de pointe pour renforcer la recherche fondamentale et clinique sur la COVID-19. Qui plus est, ils décrivent comment utiliser ces méthodologies pour déceler les variants viraux établis et émergents.
La spectrométrie de masse est une technique utilisée par les scientifiques pour identifier toutes les protéines d’un échantillon donné, leurs séquences et leur abondance (ou quantité) relative. Dans ce manuscrit, les auteurs examinent les publications à jour afin de déterminer la technique analytique de la spectrométrie de masse à privilégier pour comptabiliser et mesurer le nombre de protéines virales du SRAS-CoV-2.
Les techniques classiques, comme l’amplification virale et le séquençage du génome, sont de puissants outils pour déceler rapidement les mutations ou les changements émergents dans le matériel génétique nucléoïde du virus. Ces mutations pourraient donner lieu à une version altérée des protéines originales. La spectrométrie de masse peut contribuer à cette détermination en fournissant des données sur l’abondance de protéines virales fabriquées, sur la transformation éventuelle après leur fabrication, de même que sur leurs cibles d’interaction. Ensemble, ces observations peuvent contribuer à former un tableau complet des répercussions fonctionnelles de ces nouvelles mutations ou des variants protéiques, ce qui est essentiel pour surveiller les variants préoccupants en émergences.
Ce type de dosage pourrait également être utilisé pour distinguer les réponses aux infections par le SRAS-CoV-2 de celles liées étroitement aux coronavirus saisonniers, comme ceux qui sont associés au rhume banal, et ainsi permettre de procéder à des tests fiables auprès de populations plus vastes pour évaluer l’immunité acquise par l’infection ou conférée par les vaccins. De plus, lorsque la spectrométrie de masse est combinée à d’autres dosages, elle peut contribuer à déceler de très faibles quantités de protéines, qui peuvent néanmoins avoir des effets sur le pronostic de la maladie.
Dans l’ensemble, cette analyse fournit un résumé des avantages de la spectrométrie de masse pour remplacer les dosages immunologiques classiques dans l’étude de la prévalence des infections par le SRAS-CoV-2.