Kinloch NN, Ritchie G, Dong W, Cobarrubias KD, Sudderuddin H, Lawson T, Matic N, Montaner JSG, Leung V, Romney MG, Lowe CF, Brumme CJ, Brumme ZL. SARS-CoV-2 RNA quantification using droplet digital RT-PCR. J Mol Diagn. Le 29 mai 2021. doi : 10.1016/j.jmoldx.2021.04.014.
Les résultats et/ou conclusions contenus dans cette recherche ne reflètent pas nécessairement les opinions de tous les membres du GTIC.
Un groupe de chercheurs de l’Université Simon Fraser, du BC Centre for Excellence in HIV/AIDS et du Providence Health Care dirigé par la Pre Zabrina Brumme, une chercheuse financée par le GTIC, a mis au point une méthode pour quantifier le taux de SRAS-CoV-2 dans des échantillons biologiques humains au moyen d’une technique appelée amplification en chaîne par polymérase après transcription inverse numérique par gouttelettes (RT-ddPCR).
Faits saillants
- Cette méthode peut être utilisée pour déterminer le nombre exact de copies du SRAS-CoV-2 dans un échantillon biologique sans qu’il soit nécessaire de le calibrer en fonction d’une courbe standard.
- La méthode peut également normaliser le nombre de copies virales selon la quantité de matière biologique prélevée, ce qui peut être important lorsque les échantillons proviennent d’écouvillons, comme c’est le cas pour le SRAS-CoV-2.
- L’équipe a également mis au point une équation mathématique pour déterminer la charge virale d’un échantillon à partir des résultats de tests diagnostiques déjà effectués, et ce, sans réanalyser les échantillons.
Ces récents travaux, publiés dans The Journal of Molecular Diagnostics, sont financés par le GTIC, Genome BC et les Instituts de recherche en santé du Canada. L’équipe trouvait important de mettre au point un tel dosage, parce que les tests diagnostiques moléculaires de la COVID-19 actuellement sur le marché ne donnent que des résultats semi-quantitatifs (positif, négatif ou indéterminé). Ces tests classiques ont bel et bien une valeur numérique (la valeur Ct), mais celle-ci n’est pas standardisée dans toutes les plateformes de tests diagnostiques.
Les tests semi-quantitatifs suffisent pour poser un diagnostic, mais il peut être très utile de quantifier le nombre de copies virales dans certains contextes, tels que pour surveiller l’effet d’une intervention sur la réduction de la charge virale dans l’organisme.
La technique décrite constitue une plateforme attrayante, car le dosage se fait à partir d’une très petite quantité d’échantillon et n’a pas besoin d’être calibré en fonction de contrôles.
L’équipe a également établi une façon de normaliser le nombre de copies virales selon le prélèvement total de matière biologique. C’est important, car les échantillons du SRAS-CoV-2 sont prélevés sur un écouvillon, qui est ensuite plongé dans un agent de conservation liquide. Puisqu’une quantité variable de matière biologique peut être prélevée sur l’écouvillon, et que divers écouvillons sont assortis de divers volumes d’agents de préservation liquides, il peut être utile de normaliser la charge virale selon la quantité totale de matière biologique prélevée, afin de comparer la charge virale de manière stricte d’un échantillon à l’autre.
Fait important, l’équipe a également mis au point une formule mathématique pour déduire la charge virale d’un échantillon à partir des résultats du test diagnostique original. Ainsi, il est maintenant possible de convertir les résultats de tests diagnostiques connus en nombre réel de SRAS-CoV-2, sans qu’il soit nécessaire de réanalyser les échantillons.