Ce texte, rédigé par des membres du secrétariat du GTIC, résume l’article suivant :

Yoo S, Garg E, Elliott LT, Hung RJ, Halevy AR, Brooks JD, Bull SB, Gagnon F, Greenwood C, Lawless JF, Paterson AD, Sun L, Zawati MH, Lerner-Ellis J, Abraham R, Birol I, Bourque G, Garant JM, Gosselin C, Li J, Whitney J, Thiruvahindrapuram B, Herbrick JA, Lorenti M, Reuter MS, Adeoye OO, Liu S, Allen U, Bernier FP, Biggs CM, Cheung AM, Cowan J, Herridge M, Maslove DM, Modi BP, Mooser V, Morris SK, Ostrowski M, Parekh RS, Pfeffer G, Suchowersky O, Taher J, Upton J, Warren RL, Yeung R, Aziz N, Turvey SE, Knoppers BM, Lathrop M, Jones S, Scherer SW, Strug LJ. HostSeq: a Canadian whole genome sequencing and clinical data resource. BMC Genom Data. Le 2 mai 2023;24(1):26. doi : https://doi.org/10.1186/s12863-023-01128-3.

Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.

La plateforme HostSeq, créée en avril 2020, est une collaboration nationale d’études populationnelles sur les facteurs de risque génétiques du SRAS-CoV-2 et les résultats cliniques qui s’y rattachent. Jusqu’à présent, HostSeq a recueilli de l’information génomique et clinique auprès de 95 % des 10 000 Canadiens de tout âge ayant reçu un diagnostic de SRAS-CoV-2 qu’elle a enrôlés. Ainsi, 70 % de la collecte de données est terminée. Les résultats de l’étude, qui a été financée par le GTIC et qui regroupe de nombreuses études financées par le GTIC, ont été publiés dans la revue BMC Genomic Data.

Les données récoltées par HostSeq peuvent être consultées dans deux portails en libre accès ou après une demande d’accès contrôlé aux données. Quatre des 13 études faisant partie de HostSeq sont partiellement financées par le GTIC, y compris genMARK, dirigée par le Dr Upton Allen du Hospital for Sick Children, la Biobanque de la COVID-19 du SickKids, dirigée par la Dre Rae Young, toutes deux au Hospital of Sick Children de Toronto, la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), dirigée auparavant par le Dr Vincent Mooser de l’Université McGill, et CANCOV, dirigée conjointement par les Dres Angela Cheung and Margaret Herridge du Réseau universitaire de santé de Toronto.

Fait saillants

  • Selon les données faisant actuellement partie de la base de données HostSeq, les participants avaient un âge médian de 47,9 ans, 54,6 % étaient des femmes et 41,5 % des hommes, et le sexe n’était pas indiqué dans 3,9 % des cas. Environ la moitié des participants à l’étude HostSeq avait dû être hospitalisés à cause de leur infection par le SRAS-CoV-2. Ainsi, 54 % des patients hospitalisés ont obtenu leur congé à domicile, 15 % ont été transférés dans un autre hôpital ou dans un milieu de soins (p. ex., un centre de réadaptation ou établissement de soins de longue durée), 11,9 % sont décédés et les données étaient en cours de collecte dans 18,7 % des cas.
  • Chaque étude partenaire d’HostSeq a obtenu le consentement des participants, des prélèvements de sang ont été recueillis pour procéder au séquençage du génome entier et l’information clinique a été consignée à l’aide de formulaires standardisés de déclaration des cas.
  • HostSeq offre le libre accès à certaines de ses données par l’entremise des deux portails de données suivants : le portail des phénotypes (qui contient le résumé des principales variables cliniques colligées par des études partenaires, en anglais) et le portail de recherche des variants (qui permet aux utilisateurs de chercher des volets précis des données génétiques de HostSeq).
  • L’accès aux données personnelles de HostSeq, conservées dans un répertoire de données nuagiques à accès contrôlé, peut être accordé après analyse et approbation par un bureau de conformité d’accès aux données, indépendant, de HostSeq. À l’heure actuelle, HostSeq fournit 174,5 millions de variants courts composés de variants mononucléotidiques et d’indels.
  • HostSeq est liée aux bases de données administratives provinciales et fournit donc des données supplémentaires sur les résultats cliniques à long terme des participants. Ces données peuvent démontrer la présence d’affections postinfectieuses comme la COVID longue et la vulnérabilité à de nouveaux diagnostics comme le diabète et le cancer.

Découvrez-en davantage sur l’initiative HostSeq ici, en anglais.