Séroprévalence au Canada

Afin d’adapter les stratégies de santé publique au contexte pandémique actuel, il est important de comprendre la prévalence de la COVID-19 au Canada. Depuis l’hiver 2021-2022 avec le début de la vague Omicron, les tests PCR pour le diagnostic du SRAS-CoV-2 n’ont pas réussi à suivre la croissance rapide de l’infection dans la population. Le GTIC s’est donc appuyé sur des études de sérosurveillance (mesure des anticorps dus à l’infection et à la vaccination dans le sang d’une personne) pour fournir des estimations mises à jour de l’ampleur et des tendances de l’infection par le SRAS-CoV-2 au Canada.

Les estimations de séroprévalence présentées ci-dessous sont fondées sur les données de plus de 20 études qui peuvent être regroupées en trois catégories : 1) donneurs de sang de la Société canadienne du sang et d’Héma-Québec; 2) échantillons de sang anonymes rejetés ou résiduels de laboratoires provinciaux; et 3) participants aux cohortes de recherche financées par le GTIC. Ces trois sources fournissent des informations importantes, mais chacune d’entre elles comporte des forces et des limites différentes.

Les projets qui ont fourni de l’information pour ce rapport incluent : Société canadienne du sang, Action pour battre le coronavirus, Alberta Precision Laboratories, BCCDC (financé par le BCCDC), Canadian Antenatal Serosurvey, Partenariat canadien pour la santé de demain, ECSAC-1 de Statistique Canada, Héma-Québec, Manitoba Seroprevalence, Santé publique Ontario (financé par SPO), Saskatchewan Seroprevalence, CHILD, Étude de sérosurveillance du CHU Ste-Justine, EnCORE, SPRING, TargetKIDS!, Étude longitudinale canadienne sur le vieillissement, Prospective Evaluation of Immunity after COVID-19 vaccines in Seniors (PREVENT), COVID-19 seroepidemiology among children Using Retrieved POPCORN Site Leftover blood Samples (CURNLS).

MÉTHODOLOGIE ET DONNÉES

La présente analyse se fonde sur la présence d’anticorps à la protéine nucléocapsidique comme indicateur d’une infection antérieure et sur celle d’anticorps antispiculaires pour déterminer la séroprévalence globale représentant à la fois les anticorps acquis par la vaccination et induits par l’infection. Avant le déploiement du vaccin en janvier 2021, la présence d’anticorps antispiculaires indique également une infection passée. Les évaluations de la séroprévalence présentées dans le présent rapport proviennent de trois sources différentes : 1) les donneurs de sang de la Société canadienne du sang et d’Héma-Québec; 2) les échantillons de sang rejetés et anonymisés ou de sang résiduel en provenance de laboratoires provinciaux et 3) les participants à des cohortes financées par le GTIC.  On présume que les données fournissent une évaluation de la séroprévalence qui reflète le taux approximatif d’infection 14 jours ou plus avant la date de collecte, en raison du temps qu’il faut en moyenne pour qu’une personne infectée acquière des anticorps IgG mesurables en réponse à l’infection.

SOURCES DE DONNÉES

Les données sont tirées de projets financés par le Groupe de travail sur l’immunité face à la COVID-19 (GTIC) et de projets dont les estimations de séroprévalence ont été rendues publiques. Les projets financés et les partenaires participants reflètent les efforts consentis par le GTIC pour évaluer la séroprévalence des anticorps du SRAS-CoV-2 au Canada, conformément au mandat qui lui a été confié en avril 2020. Les types de projets visant la collecte de données incluaient des enquêtes sérologiques provinciales et des études pancanadiennes de la population générale, des études sur des groupes d’âge particuliers ou des souspopulations vulnérables et des études sur des foyers de COVID-19, telles que les cohortes professionnelles.

DOSAGES UTILISÉS POUR DÉCELER LES ANTICORPS ANTI-SRAS-COV-2

Des laboratoires provinciaux, les systèmes d’approvisionnement en sang et des laboratoires de recherche universitaire ont procédé à la mesure des anticorps contre les protéines du spicule (S), du domaine de liaison du récepteur (RBD) et de la nucléocapside (N). Les laboratoires provinciaux ont utilisé des dosages immunoenzymatiques (ELISA) commerciaux approuvés par Santé Canada, soit :

  • Dosage des immunoglobulines G antinucléocapsidiques – Laboratoires Abbott
  • Anticorps totaux des immunoglobulines antinucléocapsidiques – Laboratoires Roche
  • Anticorps totaux des immunoglobulines antispiculaires – Laboratoire Roche
  • Anticorps des immunoglobulines G antispiculaires – DiaSorin
  • Anticorps anti-SRAS-CoV-2 – dosage multiplex de MesoScale Discovery

Les laboratoires universitaires participants ont fait appel à la fois à des dosages commerciaux et à des dosages qu’ils ont eux-mêmes mis au point. Les dosages mis au point en laboratoire s’inspiraient des construits de protéines du SRAS-CoV-2 produits au Conseil national de recherche Canada à Montréal ou dans d’autres sources commerciales réputées.

La détection des anticorps a été obtenue par dosage ELISA ou par dosage par chimiluminescence à haut débit. La mise au point des unités arbitraires biologiques, qui sont des normes globales pour calibrer les dosages IgG du SRAS-CoV-2, a contribué à limiter une partie de l’hétérogénéité et a facilité la comparaison et la combinaison des résultats. Lors des dosages nucléocapsidiques, le seuil d’infection antérieure reposait sur le seuil prédéterminé par le fabricant du dosage en question.

Dans l’étude CURNLS, la taille totale des échantillons analysés ne comprend pas tous les échantillons prélevés au cours d’une période donnée. Certains échantillons recueillis peuvent ne pas avoir été analysés à la date de soumission du présent rapport, car les échantillons sont analysés par lots par le laboratoire après avoir été reçus des sites. Les strates comportant de petits échantillons (n < 20) ou un âge manquant ont été supprimées.

ANALYSE

Le présent rapport décrit les évaluations populationnelles de la séroprévalence du SRAS-CoV-2 mesurées tout au long de la pandémie pendant trois phases distinctes circonscrites d’après le variant préoccupant prédominant à l’époque :

  • Avant Delta : avant le 1er août 2021
  • Delta : du 1er août au 14 décembre 2021
  • Omicron : du 15 décembre 2021, en cours

La séropositivité aux protéines antispiculaires peut découler de la vaccination ou de l’infection. Cependant, la séropositivité aux protéines antinucléocapsidiques n’est acquise qu’après l’infection et non après l’administration de l’un ou l’autre des vaccins homologués au Canada. Ainsi, avant la vaccination (avant le 15 décembre 2020), la présence d’anticorps acquis par l’infection était démontrée par la séropositivité antispiculaire ou antinucléocapsidique. Depuis le 15 décembre 2020, seule la séropositivité antinucléocapsidique est considérée comme une manifestation de la présence d’anticorps acquis par l’infection.

Les résultats de la séroprévalence ont été résumés ou présentés comme suit :

  • Selon la région géographique : Le Canada et les provinces ou région (aucune donnée n’est disponible au sujet des trois territoires du Canada)
  • Selon l’âge moyen : Estimé à partir de la tranche d’âge des participants

MODÈLE STATISTIQUE POUR LA SÉROPRÉVALENCE MOYENNE

Au moyen d’une approche chronologique des estimations de séroprévalence regroupées transmises par chaque projet, la séroprévalence moyenne au fil du temps a été estimée à l’aide d’un modèle bayésien linéaire généralisé multivarié. Ce modèle, adapté pour les données chiffrées et dont la proportion positive ne peut dépasser 100 %, faisait appel à un lien logit dont les erreurs bêta-binomiales étaient réparties. Les prédicteurs de séroprévalence anti-N incluaient les splines naturelles pour le prédicteur temporel, ainsi que les interceptions et les coefficients propres à chaque province et partiellement regroupés. Ainsi, la tendance temporelle pouvait varier par province lors du partage d’information entre les provinces. Les prédicteurs de séroprévalence anti-S incluaient les splines naturelles du prédicteur temporal et le logit de la séroprévalence anti-N. Les intervalles de crédibilités à 95 % se situaient entre les quantiles de 2,5 % et 97,5 % des échantillons des méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov (MCMC).

LIMITATIONS

Les dosages sérologiques utilisés sont hétérogènes, les divers dosages faisant appel à diverses unités de mesure. Le fait de déclarer la proportion d’échantillons positifs (séropositivité) permet d’éviter de standardiser les diverses unités de mesure. Cependant, il convient de souligner que les divers dosages sont dotés de diverses caractéristiques inhérentes (sensibilité, spécificité, seuils), qui influent sur la détermination des échantillons positifs. De plus, le recours à l’anticorps nucléocapsidique comme indicateur d’une infection antérieure comporte des limites. Ces limites sont attribuables à des facteurs comme l’affaiblissement des taux d’anticorps au fil du temps, une faible immunogénicité, l’incapacité de savoir exactement quand l’infection a été contractée, un décalage de une à deux semaines avant la production maximale d’anticorps et l’impossibilité de distinguer la première infection d’une infection récurrente. Par conséquent, les estimations sont devenues plus hétérogènes à l’ère des variants Omicron. En Colombie-Britannique, par exemple, la variation croissante des estimations de la séroprévalence est attribuable à l’inclusion de tranches d’âge plus vastes dans la population source. Étant donné ces limites, les estimations de la séroprévalence ne devraient généralement pas être interprétées comme des mesures directes d’infections cumulatives tout au long de la pandémie. Cependant, des modifications absolues de la séroprévalence anti-N sur de courtes périodes (p. ex., quelques mois) sont susceptibles de représenter fidèlement des hausses subites des infections au cours de ces périodes.

Comment fonctionnent les enquêtes sérologiques?

Les enquêtes sérologiques déterminent le taux de séropositivité au SRAS-CoV-2 dans une population donnée en mesurant la présence d’anticorps contre les composants du virus dans le sang d’un individu. Les personnes infectées réagissent en produisant des anticorps contre plusieurs protéines virales, notamment la nucléocapside et les protéines de spicule. En Amérique du Nord, tous les vaccins actuellement approuvés et utilisés sont basés sur la protéine de spicule et son domaine de liaison aux récepteurs. Ainsi, lorsqu’un individu a des anticorps qui reconnaissent la protéine de la nucléocapside, cela peut être interprété comme un signe d’infection passée. En revanche, lorsqu’un individu présente des anticorps qui reconnaissent la protéine de spicule, cela peut être dû soit à une vaccination, soit à une infection.

Résultats au 31 décembre 2023 | La séroprévalence acquise par l’infection a légèrement diminué en fin d’année au Canada

Au Canada, la séroprévalence acquise par l’infection a légèrement diminué à la fin de décembre 2023. Elle était estimée à 81,4 %, une baisse par rapport aux 82,9 % de la fin de novembre 2023, qui a été observée dans toutes les régions.

La vague Omicron qui a commencé en décembre 2021 a considérablement accru les taux d’immunité acquise par l’infection au Canada en 2022, qui sont passés de moins de 10 % à environ 75 % de la population infectée. La séroprévalence acquise par l’infection a continué sa montée rapide en 2023, alors que le variant Omicron – et ses divers sous-variants – a poursuivi sa propagation au pays. Entre le 1er janvier et le 31 décembre 2023, elle est passée de 74,0 % (ICr à 95 % : 71,7 % à 76,1 %) à 81,4 % (ICr à 95 % : 79,4 % à 83,3 %). En 2023, la plus forte hausse a été observée en début d’année, suivie d’un plateau pendant l’été 2023, puis de petites augmentations continues entre septembre et le 30 novembre 2023, pour accuser une légère baisse au Nouvel An.

Séroprévalence acquise par le SRAS-CoV-2 au Canada
(du 13 avril 2020 au 31 décembre 2023)

Le graphique suivant montre la séroprévalence acquise par infection (anti-nucléocapside) et la séroprévalence acquise par infection ou induite par la vaccination (anti-spicule) pour tous les groupes d’âge, combinés, par région au fil du temps.

Notes sur les données :

Chaque point représente une estimation de la séroprévalence d’un projet au milieu d’une période de collecte d’échantillons. La ligne noire représente la séroprévalence moyenne estimée, pondérée par la taille de l’échantillon. Les bandes gris clair représentent l’intervalle de confiance credible de 95 %.

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État de la séroprévalence acquise par l’infection au Canada

La carte interactive ci-dessous a été produite par l’équipe de données et d’analyse du GTIC à partir des données tirées de plus de 20 études financées par le GTIC ou d’études qui ont rendu leurs données publiques. Cette carte démontre le pourcentage d’adultes canadiens qui avaient acquis des anticorps contre l’infection à la fin de décembre 2023.

Séroprévalence acquise par l’infection par province au fil du temps

Selon les résultats de plusieurs enquêtes de séroprévalence réalisées au Canada, à la fin de décembre dans les régions du pays :

  • la séropositivité estimative moyenne découlant de l’infection a peu varié entre les provinces de l’Ouest canadien, où elle s’est établie à 81,9 % (ICr à 95 % : 81,5 à 83,8) et a oscillé entre 80,0 % (ICr à 95 % : 77,8 à 82,0) en Colombie-Britannique et 84,1 % (ICr à 95 % : 81,8 à 86,3) en Alberta.
  • la séropositivité s’établissait à 80,8 % (ICr à 95 % : 78,3 à 83,1) en Ontario, et à 83,4 % (ICr à 95 % : 80,4 à 86,1) au Québec.
  • la séroprévalence acquise par l’infection s’élevait à 75,2 % (ICr à 95 % : 72,6 à 77,7) dans les provinces de l’Atlantique.

Pour connaître les estimations de séroprévalence dans les Territoires du Nord-Ouest, voir la rubrique intitulée Séroprévalence acquise par l’infection et conférée par la vaccination dans les Territoires du Nord-Ouest, de mars 2022 à janvier 2023, ci-dessous.

Anticorps measuré

estimation anti-N estimation anti-S

Colombie-Britannique

Alberta

Saskatchewan

Manitoba

Ontario

Québec

Nouvelle-Écosse

Île du Prince-Édouard

Terre-Neuve

Nouveau-Brunswick

Antibody measured

anti-N estimate anti-S estimate

Colombie-Britannique

Alberta

Saskatchewan

Manitoba

Ontario

Québec

Nouvelle-Écosse

Île du Prince-Édouard

Terre-Neuve

Nouveau-Brunswick

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Séroprévalence acquise par l’infection et conférée par la vaccination dans les Territoires du Nord-Ouest

Résultats d’enquêtes de séroprévalence réalisées par Santé publique Territoires du Nord-Ouest
de mars 2022 à janvier 2023

Une enquête sérologique transversale financée par le GTIC et réalisée par Santé publique Territoires du Nord-Ouest a permis d’obtenir une estimation de la séroprévalence du SRAS-CoV-2 attribuable à la vaccination et à l’infection chez les habitants des Territoires du Nord-Ouest, répartie d’après les groupes d’âge et les régions.

  • La séroprévalence attribuable à la vaccination ou à l’infection dépassait les 95 % dans les Territoires du Nord-Ouest en janvier 2023.
  • La séroprévalence acquise par l’infection a beaucoup augmenté dans tous les groupes d’âge. Au printemps 2022, 47,3 % des habitants possédaient des anticorps acquis par l’infection (IC à 95 % : 42,4 à 52,1) et en janvier 2023, ce pourcentage était passé à 79,5 % (IC à 95 % : 76,9 à 81,9).
  • Selon les données, en 2022, les enfants et les jeunes adultes ont présenté une augmentation de la séroprévalence acquise par l’infection plus précoce que les adultes âgés.
  • Dans l’ensemble, la séroprévalence s’est accrue au fil du temps. Cependant, étant donné la plus petite taille de l’échantillon chez les enfants, notamment ceux de moins de 12 ans, et les jeunes adultes, la tendance au fil du temps est moins évidente. Les adultes de plus de 60 ans ont maintenu un taux d’infection plus faible tout au long de l’année 2022, comme on peut le constater chez les donneurs de sang canadiens des autres provinces.

Séroprévalence acquise par l’infection dans les Territoires du Nord-Ouest :
estimations de la séropositivité antinucléocapsidique en fonction de l’âge et de la période d’échantillonnage

95% des participants, d’un âge moyen de 49 ans, se situaient dans le groupe des 12 à 83 ans.

Séroprévalence acquise par l’infection en fonction de l’âge au Canada

La conversion à la séropositivité découlant de l’infection (anti-N) a varié selon les groupes d’âge :

  • Chez les donneurs de sang adultes :
    • la séroprévalence acquise par l’infection a augmenté légèrement chez les 17 à 24 ans et les 25 à 39 ans. Elle se situait à 91,9 % (intervalle de confiance [IC] à 95 % : 90,2 à 93,5) chez les jeunes adultes de 17 à 24 ans et à 87,1 % (IC à 95 % : 85,6 à 88,6) chez ceux de 25 à 39 ans.
    • la séroprévalence acquise par l’infection a légèrement diminué chez les adultes de 40 ans et plus par rapport au mois précédent, pour atteindre 83,0 % (IC à 95 % : 81,6 % à 84,3 %) chez les 40 à 59 ans et 75,1 % (IC à 95 % : 73,2 à 77,0) chez les adultes de 60 ans et plus.
    • des tendances semblables fondées sur l’âge ont été observées dans toutes les régions géographiques.
  • Dans les groupes pédiatriques :
    • selon les estimations d’études pédiatriques, la séroprévalence acquise par l’infection chez les enfants était semblable ou plus faible que chez les jeunes adultes, mais les estimations variaient considérablement en fonction des études et au fil du temps.

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Données de la Société canadienne du sang et d’Héma-Québec seulement

Séroprévalence de l’infection au fil du temps au Canada : un graphique interactif détaillé

Ce graphique regroupe les données de la Société canadienne du sang depuis le début de la pandémie. Il permet de visualiser les taux de séroprévalence des infections acquises en fonction de la défavorisation, du groupe racial et de l’âge, ce qui donne un aperçu des caractéristiques des personnes qui ont été le plus touchées par la COVID-19. Ces données peuvent aider les responsables et les décideurs lorsqu’ils déploient des ressources et peuvent contribuer à résoudre les problèmes d’accès à la santé publique, de diffusion de l’information et d’équité pour tous les Canadiens.

Veuillez cliquer sur les boutons rouges en haut, « Défavorisation », « Groupe racial » ou « Âge » pour filtrer les résultats. Vous pouvez également double-cliquer sur la légende pour isoler une trace.

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Séroprévalence selon la situation socioéconomique au fil du temps

Canada (sauf le Québec et les territoires)

Selon les données de la Société canadienne du sang, la séroprévalence acquise par l’infection dans les populations les plus et les moins défavorisées sur le plan matériel (d’après leur code postal) est demeurée semblable en décembre 2023 (82,7 % par rapport à 82,8 %) à celle observée en novembre.

1 Tel que mesuré par l’indice de privation matérielle, qui utilise les données du code postal.


1 As measured by the Material Deprivation Index, which makes use of postal code data.

Anticorps anti-SRAS-CoV-2 attribuables à…

l’infection (dosage Roche) la vaccination seulement (dosage Roche)

Remarques sur les données :

  • La hauteur des barres indique la proportion estimée du sous-groupe qui avait des anticorps contre le SRAS-CoV-2, ajustée pour la sensibilité et la spécificité du test et normalisée par rapport à la population canadienne. Les barres d’erreur indiquent des intervalles de confiance à 95 %.
  • Les anticorps provenant uniquement du vaccin sont en rouge = IgG anti-S positifs et IgG anti-N négatifs.
  • Les anticorps provenant de l’infection sont en bleu = positifs pour les IgG anti-nucléocapsides.
  • L’indice de défavorisation est un indicateur du manque de biens et de services (défavorisation) dans le quartier d’un participant, basé sur les trois premiers chiffres de son code postal. L’indice a été élaboré par Statistique Canada à partir des codes postaux et des données du recensement canadien de 2016 sur le revenu des ménages, le taux de chômage et le taux d’éducation secondaire.
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Séroprévalence par groupe racial au fil du temps

Les données de la Société canadienne du sang démontrent que les Canadiens racisés (race autodéclarée) ont continué de présenter une séroprévalence acquise par l’infection plus élevée que les Canadiens qui se disent blancs, mais le rythme d’augmentation semblait similaire dans les deux groupes pendant la vague Omicron.

La séroprévalence des anticorps anti-SRAS-CoV-2 chez les donneurs de sang canadiens au fil du temps (Canada sauf le Québec et les territoires)

Anticorps anti-SRAS-CoV-2 attribuables à…

l’infection (dosage Roche) la vaccination seulement (dosage Roche)

Remarques sur les données :

  • La hauteur des barres indique la proportion estimée du sous-groupe qui avait des anticorps contre le SRAS-CoV-2, ajustée pour la sensibilité et la spécificité du test et normalisée par rapport à la population canadienne. Les barres d’erreur indiquent des intervalles de confiance à 95 %.
  • Les anticorps provenant uniquement du vaccin sont en rouge = IgG anti-S positifs et IgG anti-N négatifs.
  • Les anticorps de l’infection sont en bleu = positifs pour les IgG anti-nucléocapside.
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  • Avez-vous besoin des données à l’échelle de la population figurant dans les graphiques ci-dessus? Visitez le Dataverse en libre accès du GTIC pour accéder à nos données agrégées.
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  • Avez-vous besoin d’autres tableaux de sérologie du SRAS-CoV-2 à l’échelle de la population? Veuillez contacter notre équipe chargée des données à data@covid19immunitytaskforce.ca.

Rapports de la Société canadienne
du sang et d’Héma-Québec

Décembre 2023
Novembre 2023
Octobre 2023
Septembre 2023
Août 2023
Juillet 2023
Juin 2023
Mai 2023
Avril 2023
Mars 2023
Mi-mars 2023
Février 2023
Mi-Février 2023
Mi-Janvier 2023
Décembre 2022
Mi-décembre 2022
NOVEMBRE 2022
OCTOBRE 2022
MI-OCTOBRE 2022
Septembre 2022
Mi-septembre 2022
Août 2022
Juillet 2022
Juin 2022 (Héma-Québec)
Juin 2022
Mai 2022
Mi-mai 2022
Avril 2022
Mi-avril 2022
Mars 2022 (Héma-Québec)
Mars 2022
Février 2022
Janvier 2022
Décembre 2021

Résumés du GTIC des rapports de la
Société canadienne du sang et d’Héma-Québec

Décembre 2023
Novembre 2023
Octobre 2023
Septembre 2023
Août 2023
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Mars 2023
Mi-Mars 2023
Février 2023
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Mi-Janvier 2023
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Octobre 2022
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Septembre 2022
Août 2022
Juillet 2022
Juin 2022
(Héma-Québec)
Juin 2022
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Avril 2022
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